Tại hội nghị tổng kết 10 năm thực hiện nghị quyết Trung ương 5 khóa IX về tiếp tục đổi mới, phát triển và nâng cao hiệu quả kinh tế tập thể. Bộ chính trị đã kết luận tại thông báo số 56-KL/TW ngày 21/02/2013, trong đánh giá về Hợp tác xã (HTX) có nêu “Nhiều HTX chưa tuân nghiêm các quy định của pháp luật, còn có những biểu hiện hình thức, xa rời bản chất các nguyên tắc, giá trị HTX”. Thường các HTX theo dạng này thì danh nghĩa là Hợp tác xã, nhưng hoạt động sản xuất kinh doanh như một doanh nghiệp (DN), do còn có sự nhầm lẫn giữa tổ chức HTX với tổ chức doanh nghiệp, vấn đề này cần làm rõ sự giống nhau và khác nhau giữa hoạt động HTX với hoạt động của DN như sau:
Trước hết về tổ chức HTX và DN đều là tổ chức tự nguyện, có tư cách pháp nhân, Luật HTX đã quy định đầy đủ đặc điểm riêng của HTX và đặc điểm chung của tổ chức kinh tế. Trong đó có một số nội dung về quyền, nghĩa vụ, cơ cấu tổ chức tương đối giống doanh nghiệp, hoàn toàn đầy đủ cho HTX hoạt động hiệu quả. Bên cạnh đó HTX có những đặc điểm riêng khác với DN về bản chất. Đối với DN người tham gia thành lập DN chỉ có tư cách duy nhất là nhà đầu tư, thì HTX luôn có hai tư cách vừa là người chủ của Hợp tác xã, lại vừa là khách hàng của HTX (sử dụng sản phẩm, dịch vụ của HTX) mục đích của HTX là tối đa hóa lợi ích cho thành viên bản chất là “đối nhân” mọi lợi ích thuộc về thành viên. Thông qua đáp ứng nhu cầu chung của thành viên về sản phẩm, dịch vụ, việc làm, nâng cao thu nhập một cách hiệu quả hơn so với từng thành viên hoạt động riêng lẻ. Bên cạnh nguyên tắc HTX phải hoạt động có hiệu quả như DN. HTX vẫn phải có lãi để đổi mới và tiếp tục phát triển đem lại lợi nhuận cho thành viên, còn có mục đích cao cả khác mà DN không có được là sự tương trợ, giúp đỡ nhau, giữa các thành viên đáp ứng nhu cầu chung, về kinh tế, văn hóa, xã hội cho các thành viên. HTX không chỉ lấy lợi ích kinh tế mà cả lợi ích xã hội, lợi ích văn hóa của các thành viên làm mục tiêu hoạt động.
Còn DN là tổ chức kinh tế thành viên chỉ là người góp vốn cho DN và chia lãi theo vốn góp, mọi lợi ích trước hết là của chủ doanh nghiệp. Như vậy DN là tổ chức kinh tế “đối vốn” mục tiêu của DN là hoạt động chỉ đáp ứng nhu cầu dịch vụ cho thị trường, không phải là cho nhu cầu của người góp vốn.
Về phương pháp quản lý HTX hướng vào lợi ích cho các thành viên, tất cả thành viên đều có quyền ngang nhau mà không phụ thuộc vào số lượng vốn góp, mà họ góp vào HTX nhiều hay ít, nguyên tắc bình đẳng trong HTX luôn là đặc điểm nổi trội so với doanh nghiệp. Còn DN thì quyền lực nói chung và quyền lực trong việc quyết định các vấn đề quan trọng của DN nói riệng, được phân bổ đều cho các thành viên theo tỉ lệ vốn góp của họ ( ai góp nhiều thì có quyền và ngược lại).
Về đối tượng phục vụ đặc trưng của HTX, thành viên vừa là chủ vừa là khách hàng và sử dụng sản phẩm, dịch vụ của HTX ngược lại HTX cung ứng sản phẩm, dịch vụ cho thành viên, quan hệ kinh tế giữa thành viên và HTX là bình đẳng, đối tượng phục vụ của HTX trước hết là các thành viên vì vậy HTX luôn có khách hàng là các thành viên, các đối tượng phục vụ của DN là khách hàng trên thị trường. Do vậy, DN phải tìm kiếm khách hàng trên thị trường.
Về sở hữu tài sản đối với HTX thành viên góp vốn vào HTX và sở hữu tài sản của HTX theo vốn góp điều lệ, đồng thời thành viên vẫnn có thể sở hữu tư nhân, tư liệu sản xuất và hoạt động kinh tế tư nhân, cá thể. Tài sản chung của HTX là tài sản thuộc sở hữu cộng đồng thành viên, là tài sản không chia (theo Luật HTX 2012 tài sản không chia của HTX bao gồm: Quyền sử dụng đất do Nhà nước giao đất, cho thuê đất, các khoản nợ, hỗ trợ không hoàn lại của Nhà nước, khoản tặng, cho theo thỏa thuận là tài sản không chia, vốn và tài sản khác được quy định đưa vào tài sản không chia). DN sở hữu tài sản theo tỷ lệ vốn góp điều lệ.
Về phân phối thu nhập, nếu trong DN lợi nhuận thu được phân chia cho các thành viên, chủ yếu theo tỉ lệ vốn góp, thì trong HTX lại sử dụng nguyên tắc hoàn toàn khác là nguyên tắc phân chia theo thu nhập chủ yếu theo mức độ sử dụng sản phẩm, dịch vụ của Hợp tác xã. Điều này có nghĩa là trong HTX thành viên nào sử dụng nhiều sản phẩm, dịch vụ của HTX thì thành viên đó được hưởng nhiều hơn từ thu nhập do HTX mang lại. Như vậy việc phân chia theo vốn góp trong HTX chỉ là thứ yếu.
Về chính sách ưu đãi, hỗ trợ: HTX là hình thức tổ chức kinh tế mà thành viên là người nông dân, người lao động, các DN vừa và nhỏ. Vì vậy, có chính sách đặc thù dành riêng cho HTX một số chính sách ưu đãi hỗ trợ HTX phát triển, sự quan tâm này còn thể hiện ở chổ Luật HTX 2012 dành hẳn một điều để quy định về vấn đề này và luật giao cho Chính phủ quy định cụ thể.